Budowa wewnętrzna igielnika jest bardzo uproszczona. Gatunek ten nie posiada mózgu ani centralnego układu nerwowego, a jego ciałem steruje prosty pierścień nerwowy. Jeżowiec nie ma również klasycznego serca ani typowego układu krwionośnego, a substancje odżywcze i tlen są rozprowadzane za pomocą układu wodnego. Pokarm pobierany przez aparat gębowy od spodu ciała trafia bezpośrednio do długiego, zakręconego przewodu pokarmowego pełniącego funkcję żołądka, gdzie jest trawiony.
Na samym środku grzbietu znajduje się charakterystyczny stożek odbytowy, który unosi się ponad pancerz, chroniąc kolce przed zanieczyszczeniem. Na jego szczycie widoczny jest jaskrawy, jasnopomarańczowy lub neonowo-żółty pierścień. Wokół stożka rozmieszczonych jest pięć jasnych kropek układających się w kształt gwiazdy, od których biegną neonowe, niebieskie linie. Cały ten niebiesko-biały wzór jest ściśle połączony z komórkami światłoczułymi ukrytymi pod pancerzem. Dzięki temu systemowi jeżowiec potrafi wykrywać ruch drapieżników i błyskawicznie kierować kolce w stronę ich cienia.