Po tych wydarzeniach doszło do zerwania współpracy między legatem a kanclerzem wielkim koronnym wskutek braku zgody między nimi w kwestii różnowierców i reformy elekcjiS. Grzybowski, Jan Zamoyski, Warszawa 1994, s. 223..
Kardynał Aldobrandini uczestniczył w obydwu konklawe w 1590 oraz w konklawe 1591. Na wszystkich był wymieniany jako kandydat na papieża, ale jego wyborowi sprzeciwiała się frakcja prohiszpańska w Kolegium KardynałówPastor, XXII, s. 316, 321, 340, 343, 412-413.. Sytuacja zmieniła się dopiero po śmierci Innocentego IX (30 grudnia 1591).
Wybór na papieża
30 stycznia 1592 kardynał Ippolito Aldobrandini został wybrany na papieża i przyjął imię Klemens VIII. 2 lutego 1592 w kaplicy Sykstyńskiej przyjął sakrę biskupią z rąk kardynała Alfonso Gesualdo, biskupa Ostii i dziekana Świętego Kolegium. Tydzień później, 9 lutego 1592, został uroczyście koronowany w bazylice watykańskiej przez kardynała diakona Francesco Sforza di Santa Fiora. Nowy papież na swoje motto biskupie obrał fragment psalmu 83: Protector noster, aspice Deus (Spojrzyj Boże, obrońco nasz).
Pontyfikat thumb|Papież Klemens VIII. Pomnik w bazylice S. Maria Maggiore