XIX wiek Po przejściu dawnych dóbr kościelnych na własność państwową Pobyłkowo znalazło się w obrębie rządowych dóbr Golądkowo. Klucz pobyłkowski obejmował folwarki Pobyłkowo Duże, Pobyłkowo Małe i Trzepowo oraz wsie zarobne Pobyłkowo Duże i Małe, Budy Pobyłkowskie, Budy Trzepowskie i Trzepowo, a także młyn Klusek. Mieszkańcy należącego do klucza Trzepowa odrabiali pańszczyznę w Pobyłkowie, natomiast czynsze i daniny w naturze oddawali do dworu w Golądkowie. W 1827 roku Pobyłkowo Małe liczyło 12 domów i 83 mieszkańców.
W 1830 roku Jakub Fryderyk Hoffman, profesor Uniwersytetu Warszawskiego, nabył kompleks dóbr obejmujący Pobyłkowo Małe i Duże, Trzepowo, Budy Pobyłkowskie i Budy Trzepowskie oraz osadę Klusek. Po Jakubie Fryderyku Hoffmanie z Pobyłkowem związany był jego syn Tytus Hoffmann, uczestnik powstania listopadowego, nauczyciel i członek Towarzystwa Rolniczego, zmarły 25 stycznia 1876 roku.
W Pobyłkowie Małym istniało historyczne wójtostwo, którego ostatnim posiadaczem na prawie emfiteuzy był Długołęcki. Po jego śmierci grunty wójtostwa, określane niekiedy jako folwark na Pobyłkowie Małym, włączono do gruntów folwarcznych Pobyłkowa Dużego.