Fotografowanie w nocy umożliwiały dwie 30 kg bomby oświetlające.
J1N1-R Jednocześnie z produkcją seryjną prowadzono prace mające na celu przystosowanie J1N1 także do innych ról, między innymi samolotu bombowo-torpedowego i bombowca nurkującego. Próbowano również na wiele sposobów zmodernizować kabinę załogi, dodając różnego typu wieże strzeleckie. Wyprodukowany w liczbie 12 egzemplarzy samolot z wieżą od ciężkiego bombowca Nakajima G5N Shinzan został oznaczony jako J1N1-R Model 12. Wkrótce potem, ze względu na wprowadzenie podziału na samoloty rozpoznawcze bazujące na lądzie i samoloty pokładowe symbolem J1N1-R oznaczano wszystkie seryjne rozpoznawcze J1N1 w wersji lądowej.
J1N1-S Wiosną 1943 roku rozpoczęto budowę J1N1 w wersji myśliwca nocnego. Załoga tej odmiany samolotu została ograniczona do dwóch osób, a w miejsce kabiny trzeciego członka załogi zamontowano cztery działka Typ 99 Model 2 Kai kalibru 20 mm, z których dwa strzelały pod kątem 30° do góry, a dwa pozostałe pod tym samym kątem w dół (było to rozwiązanie analogiczne do niemieckiego systemu Schräge Musik). Do strzelania z górnych działek używano specjalnego celownika Typ 3 umieszczonego na owiewce kabiny, a z dolnych, celownika bombowego Typ 98 zamontowanego w przeszklonym dziobie maszyny.