Pierwsze samoloty myśliwskie przebudowane w Morskim Arsenale Lotniczym w Yokosuce z maszyn rozpoznawczych należących do 251. Kokutai zostały oznaczone jako J1N1-C Kai i rozpoczęły działania bojowe przeciwko bombowcom amerykańskim nad wyspami Pacyfiku dowodząc swej skuteczności. W sierpniu 1943 roku rozpoczęto produkcję wersji myśliwskiej samolotu oznaczonego jako „Morski myśliwiec nocny Gekko Model 11”, w skrócie J1N1-S Gekko Model 11, później zmienione na J1N2 Gekko Model 11. Od maja 1944 produkowano również wersję J1N1-Sa z trzema działkami Typ 99 Model 2-3 na grzbiecie i dwoma na spodzie kadłuba, później przemianowaną na J1N3 Model 23. Od 1944 roku zaczęto montować w maszynach tego typu radary przeznaczone do obserwacji powierzchni morza (Typ 3 Mk 6 Model 4), a od końca tego roku także do wykrywania celów powietrznych (FD1, a później FD2), co umożliwiało wykorzystywanie Gekko zarówno jako samolotów rozpoznawczych jak i zwalczania bombowców nieprzyjaciela. Pomimo niskiej skuteczności radarów japońskich, o wiele mniejszej niż podobnych konstrukcji alianckich i niemieckich, montowano je dość powszechnie.