Sezon 2006 Rok 2006 Pagdatis rozpoczął od ćwierćfinału rozgrywek w Ad-Dausze, odpadając z rywalizacji po porażce z Federerem. W wielkoszlemowym Australian Open Cypryjczyk dotarł do finału, pokonując po drodze m.in. Andy'ego Roddicka, Ivana Ljubičicia oraz Davida Nalbandiana, który prowadził w setach 2:0, a ostatecznie przegrał z Pagdatisem 6:3, 7:5, 3:6, 4:6, 4:6. W finale zmierzył się z Federerem, lecz Cypryjczyk przegrał mecz 7:5, 5:7, 0:6, 2:6.
W rozgrywkach z cyklu ATP Masters Series w Indian Wells Pagdatis osiągnął ćwierćfinał, w którym nie sprostał Rafaelowi Nadalowi. Podczas turnieju Rolanda Garrosa uzyskał II rundę, przegrywając w spotkaniu o kolejną fazę rozgrywek z Julienem Benneteau 6:3, 4:6, 3:6, 7:6(1), 4:6.
Okres gry na kortach trawiastych Cypryjczyk rozpoczął od półfinału imprezy w 's-Hertogenbosch. W meczu, którego stawką był finał, przegrał 6:7(4), 3:6 z Mario Ančicieem. Podczas Wimbledonu Pagdatis doszedł do półfinału, eliminując m.in. mistrza zawodów z 2002 roku, Lleytona Hewitta. Spotkanie o finał imprezy zakończyło się porażką Pagdatisa z Rafaelem Nadalem.