W październiku Pagdatis awansował do finału rozgrywek w Pekinie. We wcześniejszych fazach turnieju wyeliminował m.in. Paradorna Srichaphana, a w finale pokonał Ančicia 6:4, 6:0, wygrywając tym samym po raz pierwszy w karierze rozgrywki z cyklu ATP World Tour.
Na koniec roku sklasyfikowany był na 12. pozycji w rankingu ATP mając na koncie zwycięstwo w Pekinie.
Sezon 2007 Sezon 2007 Cypryjczyk rozpoczął od ćwierćfinału w Ad-Dausze, przegrywając pojedynek o półfinał z Robinem Söderlingiem. Kolejny ćwierćfinał uzyskał w Sydney, gdzie odpadł w meczu o półfinał z Carlosem Moyą. W Australian Open Cypryjczyk przegrał swoje spotkanie w II rundzie z Gaëlem Monfilsem.
Swoje drugie turniejowe zwycięstwo Pagdatis odniósł na twardych kortach w Zagrzebiu. W finałowym meczu pokonał 7:6(4), 4:6, 6:4 Ivana Ljubičicia. W turnieju rozgrywanym w Marsylii Cypryjczyk awansował do kolejnego finału, jednak został pokonany przez Gilles'a Simona. Podczas rozgrywek w Monachium uzyskał półfinał, w którym przegrał z Philippem Kohlschreiberem. W Rolandzie Garrosie Pagdatis doszedł do IV rundy, lecz w spotkaniu o ćwierćfinał uległ 6:2, 1:6, 3:6, 4:6 Igorowi Andriejewowi.