Na trawiastych kortach w Halle Pagdatis doszedł do kolejnego w sezonie finału pokonując po drodze m.in. Söderlinga oraz Kohlschreiba. W meczu o tytuł zagrał z Czechem Tomášem Berdychem, któremu uległ 5:7, 4:6. W Wimbledonie osiągnął ćwierćfinał, w którym po pięciosetowym starciu nie sprostał Novakowi Đokoviciowi, przegrywając 6:7(4), 6:7(9), 7:6(3), 6:4, 5:7. Na I rundzie zakończył swój udział w US Open, a w Bazylei dotarł do półfinału, w którym przegrał 6:7(4), 2:6 z Jarkko Nieminenem.
W rozgrywkach ATP Masters Series w Paryżu doszedł do półfinału imprezy pokonując we wcześniejszych rundach m.in. Ivana Ljubičicia i Nikołaja Dawydienkę. W meczu, którego stawką był finał, zmierzył się z Nadalem. Hiszpan wygrał pojedynek 4:6, 6:4, 6:3 dochodząc tym samym do finału rozgrywek.
Sezon ukończył na 16. miejscu w światowym rankingu tenisistów z wygranym turniejem w Zagrzebiu.