Sezon 2008 Rok 2008 Pagdatis zainaugurował od finału w grze podwójnej w Ćennaju, grając wspólnie z Marcem Gicquelem. W finale zagrał z tajlandzką parą, Sanchaiem Ratiwataną i Sonchatem Ratiwataną, którzy wygrali mecz 6:4, 7:5. W grze pojedynczej w Australian Open Pagdatis dotarł do III rundy, eliminując Thomasa Johanssona oraz Marata Safina. Mecz IV rundy z Lleytonem Hewittem zakończył się wynikiem 6:4, 5:7, 5:7, 7:6(4), 3:6 dla Australijczyka. W Marsylii Cypryjczyk uzyskał półfinał, w którym nie sprostał Mario Ančiciowi.
W wielkoszlemowym Rolandzie Garrosie Pagdatis odpadł w I etapie z Simonem Bolellim. W Halle awansował do ćwierćfinału, gdzie został pokonany przez Federera, natomiast w Wimbledonie doszedł do IV rundy, gdzie zagrał z Feliciano Lópezem. Spotkanie zakończyło się rezultatem 5:7, 6:2, 3:6, 7:6(4), 8:6 dla Hiszpana. Z powodu kontuzji nadgarstka Pagdatis zrezygnował ze startu w US Open oraz igrzysk olimpijskich w Pekinie.
Na koniec roku zajmował 98. pozycję w rankingu ATP.