Kolejne wzmianki o Łeknie znajdują się w dokumencie fundacyjnym Zbyluta z rodu Pałuków dla klasztoru cystersów w Łeknie z 1153 roku. Na mocy tego dokumentu Zbylut ofiarował zakonowi trzy wsie i miejsce dawnego grodu, na którym po niwelacji wałów wzniesiono kościół i zabudowania klasztorne. Obiekty te znajdowały się na zachodnim brzegu Jeziora Łekneńskiego. Na przeciwległym, wschodnim brzegu akwenu rozwijała się osada targowa, późniejsze miasto, a obecnie wieś Łekno. Ośrodek ten pozostał własnością spadkobierców Zbyluta z rodu Pałuków. Cystersi otrzymali tutaj na pewien czas rynek z karczmą (forum cum taberna), z których czerpali dochody Andrzej Marek Wyrwa, Klasztory cysterskie w Łeknie i Wągrowcu, Bydgoszcz 2010, s. 22-23.. Rynek z karczmą powrócił na własność rodu Pałuków w połowie XIII wieku, w drodze zamiany za inne posiadłości. Klasztor obsadzili cystersi, którzy przybyli z Altenbergu pod Kolonią. Był to pierwszy klasztor tej reguły w Polsce.
Od wczesnego średniowiecza Łekno było ważnym ośrodkiem targowym i administracyjnym, położonym na szlaku handlowym łączącym Wielkopolskę z Pomorzem. W tym okresie pełniło funkcje wczesnomiejskie. Jako "miasto" (civitas) zostało określone po raz pierwszy około 1370 roku.
W 1383 r. Łekno zostało spalone w czasie wojny domowej w Wielkopolsce (tzw.