Po powrocie do kraju, w 1771 roku został protokolantem w Senacie, a następnie prokuratorem wojskowym. W 1775 porzucił służbę wojskową, ożenił się. W tym czasie napisał szkic psychologiczny Dziennik jednego tygodnia, następnie odę Wolność oraz List do przyjaciela zamieszkałego w Tobolsku. Wstąpił do Towarzystwa Miłośników Literatury. Wydał Żywot Fiodora Wasiljewicza Uszakowa oraz Dyskurs o tym, czym jest syn ojczyzny. W roku 1790 wydał anonimowo Podróż z Petersburga do Moskwy, powieść traktującą o konieczności zniesienia poddaństwa chłopów oraz likwidacji rządów despotycznych. Po jej opublikowaniu, w niewielkim nakładzie, został uwięziony i osadzony w twierdzy Pietropawłowskiej, a następnie skazany na karę śmierci, zamienioną przez Katarzynę II na dziesięcioletnie zesłanie do Ilimska. Napisał tam traktat filozoficzny O człowieku, jego śmiertelności i nieśmiertelności, gdzie zbliżył się do monizmu materialistycznego; List o targu chińskim oraz Krótką opowieść o zdobyciu Syberii.