Początkowo komponował bardzo innowacyjną jak na tamte czasy muzykę, ale wraz z wiekiem tworzył coraz prostsze, niemal surowe kompozycje (np. Pasje). Prawdopodobnie Schütz był do tego zmuszony ze względów praktycznych. Wojna trzydziestoletnia zrujnowała gospodarkę i zaplecze muzyczne Niemiec, stąd nie było warunków, aby wystawiać wielkie dzieła z dużą obsadą w stylu weneckim, jakie tworzył na początku działalności.
Jego najbardziej znane dzieła należą do kręgu muzyki sakralnej i są to zarówno utwory na głos solo z akompaniamentem, jak i chóralne a cappella. Nie licząc kilku piosenek ludowych (arien), żadna świecka muzyka skomponowana przez Schütza nie przetrwała do naszych czasów. Najbardziej znane dziś utwory to 3 części Symphoniae sacrae, Psalmen Davids (Psalmy Dawida), Sieben Worte Jesu Christi am Kreuz (Siedem słów Jezusa Chrystusa na Krzyżu) oraz trzy Pasje. Ówcześnie uważano go za najlepszego organistę w Niemczech.