1999-2006ASY1.9 TDI PD 8V 1896 R4 101 (74)/4000 240/1800-2400 2000-2007ATD, AXR1.9 TDI PD 8V RS 1896 R4 131 (96)/4000 310/1900 2003-2007ASZ, BLT

Druga generacja

thumb|left|Škoda Fabia II – tył thumb|left|Škoda Fabia II Kombi thumb|left|Škoda Fabia II po liftingu alt=|lewo|mały|Škoda Fabia Scout thumb|left|Škoda Fabia II RS

Škoda Fabia II została po raz pierwszy oficjalnie zaprezentowana podczas targów motoryzacyjnych w Genewie w 2007 roku.

Samochód został zbudowany na bazie płyty podłogowej PQ24, która wykorzystana została do stworzenia m.in. Volkswagena Polo, Seata Ibiza oraz Córdoba. Stylistycznie pojazd nawiązuje do zaprezentowanego w 2006 roku modelu Roomster. Przedseryjna produkcja egzemplarzy testowych rozpoczęła się 21 sierpnia 2006 roku. Produkcję seryjną pojazdu rozpoczęto w grudniu 2006 roku. W 2009 roku zaprezentowana została wersja kombi pojazdu.

W 2010 roku podczas targów motoryzacyjnych w Genewie zaprezentowano wersję po face liftingu. Zmieniony został m.in. przedni zderzak, atrapa chłodnicy, poszerzone zostały przednie reflektory, zmienione zostały wzory felg oraz poszerzona została paleta lakierów. Przy okazji zmieniona została paleta jednostek napędowych.