Do tego dochodzi zróżnicowanie fizycznogeograficzne regionów otaczających miasto z każdej ze stron świata. Dlatego wokół Bydgoszczy następuje wyjątkowe nagromadzenie różnych, ścierających się ze sobą, zarówno charakterem, ukształtowaniem terenu, jak i środowiskiem biologicznym rejonów geograficzno-przyrodniczych. Poszczególne, różniące się między sobą ekosystemy chronione są poprzez różne formy ochrony przyrody: strefach włączonych do sieci Natura 2000, parku krajobrazowym, obszarach chronionego krajobrazu, rezerwatach przyrody, użytkach ekologicznych, pomnikach przyrody, lasach ochronnych.
Flora Na obszarze miasta stwierdzono 1237 taksonów, co stanowi ok. 30% roślin naczyniowych Polski. Bydgoszcz nie odbiega w tym od innych dużych miastDla przykładu flora szczegółowo przebadanych miast: Warszawy wynosi 1416 gatunków, a Poznania 1299.. Flora na terenie miasta jest bardzo zróżnicowana, co nawiązuje do różnorodności siedlisk, związanych z występowaniem różnych form naturalnych: dolin i teras rzecznych, wysoczyzn, wydm, torfowisk.