Enklawy naturalnej, bądź półnaturalnej szaty roślinnej w obrębie miasta zachowały się głównie na następujących obszarach: w dolinach: Wisły i Brdy wraz z krawędziami, w kompleksach leśnych, zwłaszcza w Myślęcinku i Rynkowie, na wilgotnych użytkach zielonych w Smukale Dolnej. Bogatym florystycznie obszarem są również Planty nad Kanałem Bydgoskim, gdzie rodzima flora jest bogatsza o około 30%. Wzdłuż tego cieku znaleziono 64 gatunków drzew i krzewów.
W II połowie XX wieku pod wpływem urbanizacji zmniejszała się liczba gatunków roślin. Największy ubytek nastąpił wśród roślin wodnych związanych z siedliskami wilgotnymi (storczykowate, rdestnicowate, turzycowate) wskutek osuszania torfowisk i regulacji cieków wodnych. Znaczne powierzchnie na terenie miasta znajdują się na etapie sukcesji wtórnej (górny taras Fordonu, poligon na Jachcicach, tereny wzdłuż Brdy i Wisły)Flora Bydgoszczy i jej przemiany. [w:] Środowisko przyrodnicze Bydgoszczy, środowisko-przyroda, zdrowie, red. Józef Banaszak, Bydgoszcz 1996..