thumb|Obszary chronione: parki krajobrazowe, obszary chronionego krajobrazu i rezerwaty przyrody w okolicy Bydgoszczy thumb|Obszary Natura 2000 w Bydgoszczy Ochrona przyrody w Bydgoszczy – ogół działań służących zachowaniu różnorodności biologicznej ekosystemów na terenie miasta i w jego otoczeniu oraz zachowaniu ich dla przyszłych pokoleń.
Przyroda Bydgoszczy Położenie fitogeograficzne Bydgoszcz jest węzłem przyrodniczym leżącym na granicy jednostek geobotanicznych: od północy związanych z Pojezierzem Pomorskim, a od południa z Nizinami Polski Środkowej. Fitogeograficznie miasto położone jest w Dziale Bałtyckim Prowincji Środkowoeuropejskiej, na pograniczu dwóch krain: Pomorskiego Południowego Pasa Przejściowego, w Poddziale Pasa Równin Przymorskich i Wysoczyzn Pomorskich, Krainie Wielkopolsko-Kujawskiej, w Poddziale Pasa Wielkich Dolin. Natomiast według podziału na krainy przyrodniczo-leśne zaliczana jest do Krainy Wielkopolsko-Pomorskiej (kraina borów mieszanych świeżych z domieszką dębu i buka)Henryk Wiśniewski: Różnorodność biologiczna Leśnego Parku Kultury i Wypoczynku w Myślęcinku i jej uwarunkowania. [w.] Józef Banaszak (red.): Przyroda Bydgoszczy. Wydawnictwo Akademii Bydgoskiej im. Kazimierza Wielkiego, Bydgoszcz 2004. .. Granica dużych jednostek geobotanicznych przebiega wzdłuż północnego zbocza Pradoliny Toruńsko-Eberswaldzkiej, w północnej części miasta, które jest zarazem granicą makroregionów fizycznogeograficznych oraz jednym z najbardziej atrakcyjnych krajobrazowo i zróżnicowanych ekologicznie mikroregionów w Bydgoszczy i okolicy.
Następstwem granicznego położenia Bydgoszczy w systemie podziału regionów geobotanicznych jest znaczne zróżnicowanie siedlisk, a w konsekwencji także szaty roślinnej: bory sosnowe porastające obszary wydmowe na południe od miasta, lasy mieszane na wysoczyznach na północ od miasta, roślinność kserotermiczna na skarpach doliny Wisły i Brdy oraz na obszarach piaszczystych teras pradoliny Noteci-Wisły, łąki i torfowiska w pradolinie Noteci i Kanału Bydgoskiego (na zachodzie) oraz na rozległych obszarach łąk nadnoteckich na południowy zachód od miasta, lasy łęgowe na terenach zalewowych doliny Wisły, na dawnych wyspach (kępach) wiślanych: Wielkiej i Małej, w Brdyujściu i dolinie Brdy.
Do tego dochodzi zróżnicowanie fizycznogeograficzne regionów otaczających miasto z każdej ze stron świata. Dlatego wokół Bydgoszczy następuje wyjątkowe nagromadzenie różnych, ścierających się ze sobą, zarówno charakterem, ukształtowaniem terenu, jak i środowiskiem biologicznym rejonów geograficzno-przyrodniczych. Poszczególne, różniące się między sobą ekosystemy chronione są poprzez różne formy ochrony przyrody: strefach włączonych do sieci Natura 2000, parku krajobrazowym, obszarach chronionego krajobrazu, rezerwatach przyrody, użytkach ekologicznych, pomnikach przyrody, lasach ochronnych.
Flora Na obszarze miasta stwierdzono 1237 taksonów, co stanowi ok. 30% roślin naczyniowych Polski. Bydgoszcz nie odbiega w tym od innych dużych miastDla przykładu flora szczegółowo przebadanych miast: Warszawy wynosi 1416 gatunków, a Poznania 1299.. Flora na terenie miasta jest bardzo zróżnicowana, co nawiązuje do różnorodności siedlisk, związanych z występowaniem różnych form naturalnych: dolin i teras rzecznych, wysoczyzn, wydm, torfowisk.
Enklawy naturalnej, bądź półnaturalnej szaty roślinnej w obrębie miasta zachowały się głównie na następujących obszarach: w dolinach: Wisły i Brdy wraz z krawędziami, w kompleksach leśnych, zwłaszcza w Myślęcinku i Rynkowie, na wilgotnych użytkach zielonych w Smukale Dolnej. Bogatym florystycznie obszarem są również Planty nad Kanałem Bydgoskim, gdzie rodzima flora jest bogatsza o około 30%. Wzdłuż tego cieku znaleziono 64 gatunków drzew i krzewów.
W II połowie XX wieku pod wpływem urbanizacji zmniejszała się liczba gatunków roślin. Największy ubytek nastąpił wśród roślin wodnych związanych z siedliskami wilgotnymi (storczykowate, rdestnicowate, turzycowate) wskutek osuszania torfowisk i regulacji cieków wodnych. Znaczne powierzchnie na terenie miasta znajdują się na etapie sukcesji wtórnej (górny taras Fordonu, poligon na Jachcicach, tereny wzdłuż Brdy i Wisły)Flora Bydgoszczy i jej przemiany. [w:] Środowisko przyrodnicze Bydgoszczy, środowisko-przyroda, zdrowie, red. Józef Banaszak, Bydgoszcz 1996..
Rośliny chronione W 2008 r. na terenie miasta stwierdzono 24 gatunki pod ścisłą ochroną, 13 pod częściową i 6 zagrożonych. Większość tych roślin zachowała się w najmniej zmienionych ekosystemach: przede wszystkim różnego typu lasach leżących wokół Bydgoszczy, ekstensywnych użytkach zielonych oraz dolinach rzecznych. Kilkanaście gatunków chronionych występuje w Leśnym Parku Kultury i Wypoczynku w Myślęcinku, np. widłak goździsty, paprotka zwyczajna, przylaszczka pospolita, orlik pospolity, wawrzynek wilczełyko, bluszcz pospolity, lilia złotogłów oraz storczyki. W XX wieku ok. jedna trzecia gatunków podległych ochronie ścisłej zniknęło z BydgoszczyProgram Ochrony Środowiska dla miasta Bydgoszczy na lata 2013–2016 z perspektywą do 2020 roku. Uchwała nr XXXV/721/12 Rady Miasta Bydgoszczy z dnia 28 listopada 2012 r. Bydgoszcz. czerwiec 2012..
Rzadkie i chronione gatunki roślin występują także w rezerwatach, w niewielkiej odległości od Bydgoszczy, npKatarzyna Marcysiak: Ochrona przyrody – Bydgoszcz i okolice, [w:] Przyroda Bydgoszczy, red. Józef Banaszak, Bydgoszcz 2004.: bluszcz pospolity w rezerwacie Kruszyn w dolinie Noteci; gatunki stepowe: miłek wiosenny, ostnica Jana, czy zawilec wielkokwiatowy w rezerwacie Skarpy Ślesińskie; storczyki: podkolan biały, kruszczyk szerokolistny oraz lilia złotogłów i kosaciec syberyjski w rezerwacie Dziki Ostrów; czosnek niedźwiedzi w rezerwacie Ostrów koło Pszczółczyna; widłaki: spłaszczony, jalowcowaty i goździsty w rezerwacie Łażyn w Puszczy Bydgoskiej.
Zbiorowiska roślinne Na terenie Bydgoszczy zidentyfikowano 167 fitocenoz, co stanowi 35% zbiorowisk roślinnych Polski. Połowa należy do rodzimych, zaś pozostałe są zbiorowiskami wytworzonymi wskutek działalności człowieka. Stosunkowo duży (jak dla miasta) udział roślinności naturalnej wynika ze znacznej powierzchni terenów leśnych oraz obecności dolin rzecznych. Około 20 fitocenoz jest zaliczanych do rzadkich w skali kraju i regionu, np. skupienia paprotnicy kruchej, czy też łęg topolowy. Rozmieszczenie poszczególnych zbiorowisk nawiązuje do układu form naturalnych, zwłaszcza dolin rzecznych i krawędzi wysoczyzn. Bory skupione są w dużych kompleksach wokół miasta. W rejonie Rynkowa i Myślęcinka są dobrze wykształcone płaty grądów. Dolinom rzecznym towarzyszą różnego typu łęgi. Na zboczach zidentyfikowano świetlistą dąbrowę, skupienia krzewów (tarnina, głóg) i róż oraz murawy kserotermiczne. Na torfowiskach w Dolinie Kanału Bydgoskiego występują łozowiska i kępy kruszyny pospolitej, zaś na madach wikliny nadrzeczne. Z dolinami rzek związane są m.in. płaty roślinności wodnej, szuwary, ziołorośla, liany, łąki turzycowe. Na ubogich glebach piaszczystych wykształcają się murawy psammofilneMaciej Korczyński: Flora Bydgoszczy i jej przemiany, [w:] Środowisko przyrodnicze Bydgoszczy, Środowisko-przyroda-zdrowie, red. Józef Banaszak, Bydgoszcz 1996..
Siedliska chronione Podstawą prawną ochrony siedlisk jest dyrektywa siedliskowa Unii Europejskiej z 1992 roku oraz Rozporządzenie Ministra Środowiska z 2005 roku. Wskazują one typy siedlisk przyrodniczych, dla których wskazana jest ochrona prawna w sieci Natura 2000Rozporządzenie Ministra Środowiska z dn. 16 maja 2005 r. w sprawie typów siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt, wymagających ochrony w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000, załączniki I-IV (DzU nr 94, poz. 795).. W granicach administracyjnych Bydgoszczy stwierdzono 16 siedlisk przyrodniczych podlegających ochronie. Są to m.in.: wydmy śródlądowe z murawami napiaskowymi, brzegi zbiorników wodnych ze zbiorowiskami Littorelletea uniflorae, starorzecza i jeziora eutroficzne, zalewane muliste brzegi rzek, ciepłolubne, śródlądowe murawy napiaskowe, murawy kserotermiczne, łąki trzęślicowe, ziołorośla nadrzeczne, łąki użytkowane ekstensywnie, torfowiska przejściowe i trzęsawiska, kwaśne i żyzne buczyny, grąd środkowoeuropejski i kontynentalny, łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe, lasy łęgowe dębowo-wiązowo-jesionowe oraz ciepłolubne dąbrowyEncyklopedia Bydgoszczy, t. 1. praca zbiorowa pod red. Włodzimierza Jastrzębskiego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2011. , s. 327–328..
Fauna thumb|Ptaki zimujące na Wiśle w Brdyujściu W latach 1874–2010 w Bydgoszczy stwierdzono obecność ok. 2,4–2,8 tys. gatunków zwierząt, w tym ponad 90% stanowią bezkręgowceEncyklopedia Bydgoszczy. t. 1. praca zbiorowa pod red. Włodzimierza Jastrzębskiego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2011. , s. 286.. Spośród kręgowców (ok. 280 gatunków) najliczniejszą grupę stanowią ptaki. W 2002 r. w Bydgoszczy stwierdzono obecność 213 gatunków ptaków, reprezentujących 17 rzędów i 45 rodzin. Spośród nich 123 to gatunki lęgowe, 91 – zimujące i 108 – przelotne (zalatujące lub przezeń migrujące)Tomasz Cierzniak, Andrzej Oleksa: Ptaki Bydgoszczy – różnorodność gatunkowa i funkcjonowanie populacji wybranych gatunków w warunkach miasta. [w.] Józef Banaszak (red.): Przyroda Bydgoszczy. Wydawnictwo Akademii Bydgoskiej im. Kazimierza Wielkiego, Bydgoszcz 2004. .. W II połowie XX wieku nastąpił znaczny wzrost liczby gatunków; dla porównania w 1936 r. zanotowano ich tylko 77. Najliczniejszą grupę stanowią przedstawiciele rzędu: siewkowych (20 gat.), blaszkodziobych (16), jastrzębiowych (12), dzięciołowych (6), brodzących, żurawinowych i gołębiowych (po 5 gat.). Spośród rodzin najliczniej reprezentowane są: kaczkowate (20 gat), pokrzewkowate (16), łuszczaki (12) i drozdowate (11). Największą różnorodność awifauny stwierdzono w Smukale, Parku Myślęcińskim i nad Wisłą w Łęgnowie. Większość ptaków przelotnych widywana jest na Wiśle w Łęgnowie, bądź Fordonie. Gniazda lęgowe obserwuje się przede wszystkim w łęgach nadwiślańskich, Brdyujściu, torze regatowym, Brdzie, Smukale i łąkach Osowej Góry.
W okresie lęgowym najczęściej spotykane są: w centrum miasta: wróbel, gołębie, sierpówka, jerzyk, kopciuszek, szpak, kawka; w parkach i skwerach, ogrodach: wróbel, mazurek, sikora, zięba, muchołówka, piegża, kulczyk, pleszka, szpak, kowalik, pełzacz, modraszka, sroka, gawron, dzwoniec; w środowiskach wodnych (np. Brda, oczka wodne): łabędź niemy, kaczka krzyżówka, mewa śmieszka, pliszka siwa, łyska, kokoszka wodna, nurogęś; w środowiskach leśnych (np. Puszcza Bydgoska, Las Gdański, Myślęcinek itp): zięba, rudzik, kapturka, drozd śpiewak, kos zwyczajny, kowalik, pełzacz ogrodowy, bogatka zwyczajna, sosnówka, dzięcioły, piecuszek. Do miejsc szczególnej koncentracji ptaków należą przede wszystkim: tzw. „ptasia wyspa” o powierzchni 1 ha w Leśnym Parku Kultury i Wypoczynku, śródmiejski odcinek Brdy oraz Wisła. Na wyspie stawu myślęcińskiego od 1998 r. do lęgów przystępuje rocznie 1700 par mewy śmieszki, które odchowują 3 tys. piskląt. Teren ten zamieszkuje też rzadka rybitwa rzeczna. Brda jest rejonem dużej koncentracji zimowej kaczki krzyżówki (do 3 tys. osobników) oraz łabędzia niemego. Pierwsze osobniki notowano w latach 70. XX w., dzisiaj regularnie spędza tu zimę ok. 500 łabędzi. W okolicy Wisły, Brdyujścia i toru regatowego spotyka się natomiast duże kolonie mewy pospolitej i srebrzystej.
Od lat 90. XX w. nowym zjawiskiem stało się zimowanie tysięcy osobników ptaków krukowatych (gawrona, kawki) w Bydgoszczy, na brzegach rzek lub zbiorników wodnych w łęgach, olsach, na wysokich drzewach liściastych. Rano i wieczorem obserwuje się przeloty stad tych ptaków z żerowisk na noclegowiska. Główne miejskie noclegowiska zlokalizowane są na wyspie przy ul. Spornej oraz w Łęgnowie.