Na zboczach zidentyfikowano świetlistą dąbrowę, skupienia krzewów (tarnina, głóg) i róż oraz murawy kserotermiczne. Na torfowiskach w Dolinie Kanału Bydgoskiego występują łozowiska i kępy kruszyny pospolitej, zaś na madach wikliny nadrzeczne. Z dolinami rzek związane są m.in. płaty roślinności wodnej, szuwary, ziołorośla, liany, łąki turzycowe. Na ubogich glebach piaszczystych wykształcają się murawy psammofilneMaciej Korczyński: Flora Bydgoszczy i jej przemiany, [w:] Środowisko przyrodnicze Bydgoszczy, Środowisko-przyroda-zdrowie, red. Józef Banaszak, Bydgoszcz 1996..
Siedliska chronione Podstawą prawną ochrony siedlisk jest dyrektywa siedliskowa Unii Europejskiej z 1992 roku oraz Rozporządzenie Ministra Środowiska z 2005 roku. Wskazują one typy siedlisk przyrodniczych, dla których wskazana jest ochrona prawna w sieci Natura 2000Rozporządzenie Ministra Środowiska z dn. 16 maja 2005 r. w sprawie typów siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt, wymagających ochrony w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000, załączniki I-IV (DzU nr 94, poz. 795).. W granicach administracyjnych Bydgoszczy stwierdzono 16 siedlisk przyrodniczych podlegających ochronie.