Są to m.in.: wydmy śródlądowe z murawami napiaskowymi, brzegi zbiorników wodnych ze zbiorowiskami Littorelletea uniflorae, starorzecza i jeziora eutroficzne, zalewane muliste brzegi rzek, ciepłolubne, śródlądowe murawy napiaskowe, murawy kserotermiczne, łąki trzęślicowe, ziołorośla nadrzeczne, łąki użytkowane ekstensywnie, torfowiska przejściowe i trzęsawiska, kwaśne i żyzne buczyny, grąd środkowoeuropejski i kontynentalny, łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe, lasy łęgowe dębowo-wiązowo-jesionowe oraz ciepłolubne dąbrowyEncyklopedia Bydgoszczy, t. 1. praca zbiorowa pod red. Włodzimierza Jastrzębskiego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2011. , s. 327–328..
Fauna thumb|Ptaki zimujące na Wiśle w Brdyujściu W latach 1874–2010 w Bydgoszczy stwierdzono obecność ok. 2,4–2,8 tys. gatunków zwierząt, w tym ponad 90% stanowią bezkręgowceEncyklopedia Bydgoszczy. t. 1. praca zbiorowa pod red. Włodzimierza Jastrzębskiego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2011. , s. 286.. Spośród kręgowców (ok. 280 gatunków) najliczniejszą grupę stanowią ptaki. W 2002 r. w Bydgoszczy stwierdzono obecność 213 gatunków ptaków, reprezentujących 17 rzędów i 45 rodzin.