Botafogo Clarence Seedorf po odejściu z Milanu wyjechał do Brazylii, gdzie dnia 30 czerwca 2012 roku podpisał kontrakt z Botafogo. Częściowy wpływ na tę decyzję miała pochodząca z Rio de Janeiro żona piłkarza. W ekstraklasie brazylijskiej zadebiutował dnia 22 lipca 2012 roku w przegranym 0:1 meczu u siebie z Grêmio Porto Alegre, w którym w 70. minucie został zastąpiony przez Rafaela Marquesa. W 2013 roku zdobył z klubem trzy trofea: Taça Rio, Taça Guanabara oraz Campeonato Carioca. Ostatni mecz w karierze rozegrał dnia 8 grudnia 2013 roku wygranym 3:0 meczu ligowym u siebie z Criciúma Esporte Clube. Dnia 14 stycznia 2014 roku ogłosił zakończenie kariery piłkarskiej. Powodem zakończenia kariery było dostanie oferty pracy jako trener włoskiego Milanu, w którym występował w latach 2002–2012. Łącznie w karierze klubowej rozegrał 875 meczów, w których strzelił 128 goli.