W XVII wieku miasto wielokrotnie padało ofiarą ataków pirackich i po napadzie z 1687 roku zaczęto je przenosić z rejonu wzgórza Santa Ana do nowej części miasta, rozwijanej w latach 1690–1696. W 1820 roku Guayaquil ogłosiło niepodległość od Hiszpanii i zostało stolicą , którą 31 lipca 1822 roku przyłączono do Wielkiej Kolumbii. Simón Bolívar wkroczył do miasta 11 lipca 1822 roku, a 26 lipca przybył tam José de San Martín, aby rozmawiać o statusie portu i prowincji oraz o dalszym przebiegu walk o niepodległość. Przez dwa kolejne dni obaj przywódcy spotykali się kilkakrotnie, ale przebieg ich rozmów pozostał nieznany. Wkrótce potem San Martín wrócił do Limy i podał się do dymisji, pozostawiając Bolívarowi dokończenie wyzwalania Ameryki Południowej. Pod koniec XIX wieku miasto dotknął wielki pożar z 5–6 października 1896 roku, który zniszczył znaczną część zabudowy śródmiejskiej i wpłynął na historię nowoczesnego Guayaquil. W listopadzie 1922 roku w Guayaquil doszło do wielkiego strajku generalnego, związanego z kryzysem gospodarczym i spadkiem wartości sukre. Podczas masowego zgromadzenia 15 listopada wojsko i policja otworzyły ogień do demonstrantów, zabijając co najmniej 300 osób.