Jankowski razem z Karolem Majewskim próbowali jednoczyć propowstańcze organizacje niepodległościowe, utworzyli komitet, którego zadaniem była koordynacja przygotowań powstańczych. Współpracował z Ludwikiem Mierosławskim. 10 maja 1860 przyjechał do Krakowa, gdzie odbył szereg spotkań z młodzieżą akademicką. Na początku czerwca wyjechał do Paryża, przebywał tam około 6 tygodni, spotkał się m.in. z Mierosławskim i Elżanowskim.
30 lipca 1860 został aresztowany przez policję austriacką na granicznej stacji kolejowej Szczakowa. Austriacy zarzucali Jankowskiemu organizowanie w Galicji tajnego spisku. W styczniu 1861 został wydany władzom carskim. Osadzono go w Cytadeli w X Pawilonie. Podczas śledztwa nie podjął współpracy, odmawiał wyjaśnień i nikogo nie wydał. Wyparł się nawet swojego nazwiska, twierdził, że nazywa się Malek-Adel (wódz Saracenów z okresu wypraw krzyżowych). Brutalne metody śledcze spowodowały, że myśli mu się poplątały, pozostała jedna tylko, do potęgi natężona, by nikogo nie wskazać.