Inter Mediolan Dzięki dobrym występom w Brescii w sezonie 1997/1998, w którym zdobył 4 gole i zanotował 5 asyst, stał się obiektem zainteresowań innych klubów Serie A. Ostatecznie został zawodnikiem Interu Mediolan, którego trener – Mircea Lucescu – nalegał na transfer. Początkowo Pirlo miał trafić do Parmy; oferta Interu była jednak korzystniejsza.. W nowym klubie zadebiutował 12 sierpnia 1998 w wygranym 4:0 meczu kwalifikacji do Ligi Mistrzów UEFA ze Skonto. W Serie A zadebiutował 13 września, rozgrywając spotkanie z Cagliari. Łącznie w sezonie zagrał w 32 meczach nie strzelając bramki. Prezydent klubu Massimo Moratti czterokrotnie w sezonie zmieniał szkoleniowców drużyny, co źle poskutkowało na grę i zdrowie Pirlo, który „zaczął cierpieć na migreny, silne do tego stopnia, że miał poważne zaniki pamięci”..