jednocześnie jako samodzielna jednostka oddzieliła się komunikacja miejska w Nysie. W październiku 1995 roku po Opolu zaczął kursować pierwszy niskowejściowy wóz – Jelcz M121MB (numer boczny 201). W ciągu roku dokupiono jeszcze 3 podobne wozy. 19 grudnia 1997 roku MZK został przekształcony w spółkę z o.o., w której to formie prawnej funkcjonuje do dzisiaj.
Na przestrzeni lat zmianom ulegały trasy wielu linii. Poważny problem stworzyło zamknięcie dla ruchu autobusowego wiaduktu w ciągu ulicy Reymonta (nad torami i ul. Armii Krajowej). Od 28 sierpnia 2002 roku linie łączące południowe dzielnice Opola z centrum (1, 12, 14) kursowały objazdem przez Nową Wieś Królewską i ul. Armii Krajowej. Linie 12 i 14 kursowały najkrótszą możliwą trasą, tj. przez al. Przyjaźni, ul. Jagiellonów i Armii Krajowej, natomiast linia nr 1 skierowana została na ul. Marka z Imielnicy, a w kierunku centrum kursowała ulicą Fabryczną i 1 Maja. Od 2 września 2002 roku do 1 lutego 2003 roku funkcjonowała linia H łącząca przez ul. Jagiellonów i Wschodnią Grotowice i szpital przy al. Witosa. Oprócz objazdów dużym problemem były braki w taborze, które implikowały konieczność skracania, konsolidacji i zawieszania niektórych tras. 30 czerwca 2003 roku ostatni kurs wykonała linia nr 19.