1 września 2003 roku zamknięto linie A (Pużaka-Wspólna) i F (Dambonia-Głogowska), a od 1 listopada tego samego roku również B (Witosa-Dworzec) i P (Dworzec-Prószków), którą testowo uruchomiono 1 września tego samego roku. Przedłużono jednocześnie linię nr 15 do alei Witosa. Od 6 sierpnia 2003 roku do lipca 2005 roku autobusy kursujące przez Wyspę Pasiekę (4, 9, N i do pewnego momentu 5 i F) jeździły objazdem przez pl. Konstytucji 3 Maja. 1 kwietnia 2004 roku likwidacja linii nr 6 kursującej z al. Przyjaźni do Czarnowąs pociągnęła za sobą wydłużenie linii 10 do tej miejscowości oraz zmianę trasy linii nr 4 kursującej od tego dnia ulicami Rejtana i 1 Maja. 1 sierpnia 2005 roku przyniósł zmiany w komunikacji w Półwsi i Bierkowicach – obydwie dzielnice obsługuje tylko jednak linia – nr 9 rozdzielona na dwa warianty: do Sławic przez ul. Partyzancką i do Bierkowic przez Cmentarz i ul. Wspólną. Likwidacji uległa linia nr 13, a 5 została skrócona do Dworca. 27 sierpnia 2005 roku zlikwidowano kolejną „literkową” linię – S jeżdżącą z Dworca do działek przy ul. Częstochowskiej;