W roku 1945 wszystkie parafie niemieckiego Episkopalnego Kościoła Metodystycznego, które leżały na wschód od Odry i Nysy Łużyckiej przestały istnieć. Członkowie tych parafii albo uciekali na zachód przed zbliżającymi się wojskami radzieckimi na przełomie 1944 i 1945 roku, albo zginęli w trakcie działań wojennych, albo też już po zakończeniu wojny musieli opuścić swoje miejsca zamieszkania. W niektórych miejscach opuszczonych przez niemieckie parafie metodystyczne w oparciu o ich budynki sakralne powstały parafie polskie złożone z osób osiedlających się na ziemiach zachodnich.
Sytuacja Kościoła po wojnie W roku 1945 w Warszawie utworzono Komitet Wykonawczy Kościoła Metodystycznego z przewodniczącym ks. superintendentem Konstantym Najderem, sekretarzem pastorem Michałem Kośmiderskim oraz członkami: pastorem Józefem Szczepkowskim i pastorem Janem Kalinowskim. Komitet w tym składzie funkcjonował do lutego 1948. Po II wojnie światowej Kościół Metodystów został zarejestrowany na mocy reskryptu z 5 września 1945. Szybka rejestracja wynikała z legalnego działania Kościoła w warunkach okupacji hitlerowskiej.