Po zjeździe do kombinacji Kjus prowadził, jednak uzyskany w slalomie dziewiąty wynik sprawił, że ostatecznie zajął drugie miejsce o 0,25 sekundy za Girardellim, a o 0,73 s przed Austriakiem Güntherem Maderem. Na tych samych mistrzostwach był też czwarty w zjedzie i gigancie, walkę o podium przegrywając odpowiednio z Francuzem Lukiem Alphandem o 0,19 s i z Michaelem von Grünigenem o 0,06 s.
Sezony 1996/1997 i 1997/1998 kończył poza czołową dziesiątką klasyfikacji generalnej. Łącznie ośmiokrotnie stawał na podium, odnosząc dwa zwycięstwa: 26 stycznia 1997 roku w Kitzbühel wygrał kombinację, a 2 marca 1997 roku w Kvitfjell był najlepszy w zjeździe. Pozwoliło mu to zająć drugie miejsce w klasyfikacji kombinacji sezonu 19967/97, w której lepszy był tylko Kjetil André Aamodt. W tym czasie Kjus przeciągle chorował. Po wizycie u lekarza okazało się, iż Norweg miał wrodzoną wadę przegrody nosowej, która wymagała operacji. Wystąpił jednak na mistrzostwach świata w Sestriere w 1997 roku, z których wrócił z trzema medalami. W gigancie, supergigancie i zjeździe zajmował tam drugie miejsce, za każdym razem za innym rywalem. Był jedynym narciarzem, który zdobył na tej imprezie trzy medale. Najbliżej zwycięstwa był w zjeździe, w którym do Bruno Kernena ze Szwajcarii stracił zaledwie 0,07 sekundy.