W czasie rozmów pomiędzy Wedemeyerem a Rösnerem jezuici nakazali swoim uczniom opuszczenie po kryjomu Kolegium. Około godz. 21 Czyżewski uwolnił Nagórnego. Po tym wydarzeniu milicja miejska wycofała się.

Po odejściu milicji tłum, zdominowany przez ludzi niższego stanu, rzemieślników i wyrobników, wdarł się do gmachu Kolegium i zaczął demolowanie wnętrza. Obok zniszczenia ławek szkolnych, stołów, pieców kaflowych, ram okiennych i drzwi miano również zniszczyć ołtarz w kaplicy Najświętszej Maryi Panny. Zniszczone sprzęty zostały wyrzucane na ulicę, a następnie podpalane. Według relacji jezuitów do ognia wrzucano m.in. obraz Marii Panny. Gdy powstało ryzyko rozpowszechnienia się tumultu na całe miasto, garnizon Gwardii Koronnej zdecydował się na podjęcie interwencji. Do Kolegium przybył oddział dowodzony przez kpt. Wattera, który zaczął usuwać uczestników zajść z budynku. Podczas tłumienia zamieszek ewangelicy wdarli się również do klasztoru, gdzie miano zniszczyć część wyposażenia i zranić kilku jezuitów. Jezuici nie stawiali oporu. Obie strony odniosły rany, podczas tłumienia tumultu miał zginąć jeden z żołnierzy. Gwardia zdołała usunąć ewangelików z budynków jezuitów, jednak tłum nadal gromadził się przed gmachem Kolegium.