Do tłumu wyszedł dopiero po wyłamaniu bramy Kolegium, jednak jego wołania o uspokojenie się zostały zignorowane.
18 sierpnia rada miasta Torunia zarządziła zbadanie przebiegu wydarzeń. Tego samego dnia poczmistrz i literat Jakub Kazimierz Rubinkowski poprosił Rösnera o ukaranie sprawców tumultu, jednak Rösner odrzucił jego propozycję. Przesłuchania świadków trwały do początków września. Toruńscy rajcy specjalnie odwlekali sprawę, licząc na to, że władze słabej Rzeczypospolitej nie podejmą się działań oraz nie zdecydowali się na szybkie wypłacenie odszkodowania za zniszczenie Kolegium. Po zamieszkach jezuici pozwali miasto i jego władze przed sąd asesorski oraz rozpoczęli szeroką akcję propagandową. 29 lipca August II Mocny podpisał ostry pozew do rady miasta Torunia. W efekcie władze miejskie przygotowały odpowiedź spisaną w łacinie, w której przedstawili swoją relację na temat przebiegu zamieszek. Działania Augusta II Mocnego miały na celu pozyskanie wsparcia szlachty, w większości wrogo nastawionej do ewangelików. 11 sierpnia odbyła się pierwsza rozprawa przed sądem asesorskim w Warszawie. Ze względu na to, że obie strony przedstawiły zupełnie inny obraz wydarzeń, sąd podjął decyzję o powołanie komisji. Rozpoczęła ona działalność 16 września.
Proces sądowy