W latach 1518–1519 w imieniu Zygmunta I prowadził działania na rzecz przejęcia przez teściową królewską Izabelę Aragońską majątku zmarłej Joanny IV – jedną z konsekwencji tej skomplikowanej procedury było przejęcie części posagu Bony Sforzy. Po powrocie z misji zdołał wziąć jeszcze udział w ostatniej w historii wojnie polsko-krzyżackiej. W latach 1522–1523 odbył wielką podróż dyplomatyczną po Europie, wizytując m.in. króla Anglii Henryka VIII i Tomasza Morusa, a potem cesarza, z którym omawiał m.in. kwestię egzekwowania postanowień II pokoju toruńskiego. W czasie swoich podróży zetknął się z Marcinem Lutrem i poznał z Filipem Melanchtonem.
W roku 1524 Jan Dantyszek rozpoczął zakończoną sukcesem misję dyplomatyczną, podczas której zajął w imieniu królowej Bony majątek i księstwo Bari po zmarłej Izabelli Aragońskiej. Następnie powrócił do roli posła króla przy cesarzu Karolu V. 13 marca 1525 r. Zygmunt Stary docenił jego dokonania, podnosząc go do rangi stałego ambasadora polskiego na dworze cesarskim. Był to pierwszy taki tytuł w historii Polski. Godność tę sprawował przez siedem kolejnych lat, finalizując z powodzeniem m.in. wszystkie formalności związane z przejęciem spadku po Izabelli, czy broniąc polskiej racji stanu w kwestii pruskiej.