Będąc gatunkiem inwazyjnym, szczur wędrowny może skolonizować nowe obszary i wejść w interakcje z przedstawicielami tamtejszej fauny i flory. Stanowi poważne zagrożenie dla rzadkich gatunków żyjących na wyspach. W 1985 roku oceniano, że 36% archipelagów na Ziemi zostało skolonizowanych przez szczury wędrowne. Ich usunięcie często jest trudne, lepszym rozwiązaniem jest prewencja. Na niektórych wyspach przeprowadzono akcje deratyzacyjne, aby ochronić lokalny ekosystem przed zniszczeniem przez szczury, sprowadzone wcześniej przez ludzi. Największe takie programy objęły Wyspy Campbella i Georgię Południową.

Znaczenie dla człowieka Zarówno szczur wędrowny, jak i szczur śniady boją się człowieka, są mało agresywne. Gdy widzą człowieka, uciekają, lecz jeżeli nie mają dokąd – bronią się poprzez atak, rzucając się na niego. Potrafią skoczyć na wysokość 70–80 cm.