Również badania Riberona nie zaowocowały żadnymi zmianami w taksonomii; S. atra prenjensis – opisana przez Mikśića w 1969, często uznawany za podgatunek niepewny, przez Riberona uznany za wątpliwy. Przeciwko jej wyróżnianiu świadczą dane morfologiczne i serologiczne; S. atra pasubiensis – opisana jako nowy podgatunek przez L. Bonato i S. Steinfartza w 2005. Napotkano tylko 12 osobników, w tym holotypową samicę ZMF26139.
Kladogram oparty na badaniach DNA mitochondrialnego
Genetyka i ewolucja Salamandra czarna posiada w jądrze 64,5 pg DNA.
W jednym z badań analizowano 5 polimorfizmów genetycznych długości fragmentów materiału genetycznego AFLP. Wykazano polimorfizm na poziomie od 9,7 do 21,9%. Fragmenty polimorficzne stanowiły 16,3%. Z tych badań wynika większa różnorodność, niż to oceniano wcześniej na podstawie DNA mitochondrialnego. W przypadku S. atra aurorae nie znaleziono żadnego zróżnicowania w obrębie DNA mitochondriów).
Poziom różnic genetycznych pomiędzy poszczególnymi populacjami wskazuje na udział w jego tworzeniu się ostatniego zlodowacenia, które podzieliło zasięg występowania płazów na mniejsze fragmenty.