Postulowano więc, że za wyodrębnienie się podgatunków i zmienności populacyjnej w obrębie gatunku odpowiada zlodowacenie. Jednakże Riberon zwraca uwagę na własne badania opublikowane w 1999, w których wykrył istnienie populacji w obrębie S. atra atra wykazujących różnice wyglądające na starsze niż plejstoceńskie, a więc sięgające czasów sprzed ostatniego zlodowacenia. By zanalizować bliżej tę kwestię, pobrano próbki od 50 osobników z 13 miejsc, po czym przeprowadzono badanie genetyczne mitochondrialnego cytochromu b. Zdefiniowano dzięki temu 10 haplotypów. Nie stwierdzono większych różnic pomiędzy badanymi populacjami salamandry czarnej. Nie znaleziono żadnych polimorfizmów DNA mitochondrialnego. Osobniki zamieszkujące Góry Dynarskie okazały się blisko spokrewnione z płazami z Północnych Alp. Różnice w porównaniu z salamandrą plamistą wyniosły od 10,6 do 12,8%. Dzięki szacunkom z udziałem innych salamandrowatych czas zróżnicowania się określono na 3,1 miliona lat temu. Tak więc nastąpiło ono znacznie przed zlodowaceniem (1,8 milioma lat temu). Jednakże to ostatnie przyczyniło do izolacji i powstania nowych linii.