Wczesne teksty malajskie, zapisane przy użyciu wariantu (pochodzenia indyjskiego), charakteryzują się wysoce formalnym stylem języka, nasyconym zapożyczeniami z sanskrytu, i nie odzwierciedlają zwykłego języka mówionego. Z kolei najstarszym zachowanym rękopisem w języku malajskim jest XIV-wieczny , który reprezentuje późniejszy system zapisu, będący następcą pisma pallava.
W piśmiennictwie klasycznym języka malajskiego, pod wpływem kultury islamu, przyjęło się pismo jawi, wywodzące się z pisma arabskiego; najwcześniejszy przykład jego użycia to (1303 r.). Pod wpływem europejskim zainicjowano użycie alfabetu łacińskiego, który rozpowszechniał się wraz z szerzeniem chrześcijaństwa, zwłaszcza we wschodniej Indonezji. Od XVII w. notuje się stopniowy wzrost znaczenia alfabetu łacińskiego (na niekorzyść pisma jawi) w tym zakątku świata.
Do najstarszych zachowanych dokumentów malajskojęzycznych należą listy sułtana z wyspy Ternate w archipelagu Moluków, wykorzystujące pismo jawi. Listy te sporządzono w latach 1521–1522 z zaadresowaniem do króla Portugalii. Język użyty w tych tekstach wykazuje znaczne wpływy obce, co świadczy o tym, że ich autor nie był rodowitym (ani w pełni biegłym) użytkownikiem języka malajskiego.