W jej trakcie Heydrich przypuszczalnie wydał ustny rozkaz mordowania Żydów bez względu na wiek, płeć i poglądy polityczne.
24 września 1941 roku Heydrich został mianowany przez Adolfa Hitlera pełniącym obowiązki protektora Czech i Moraw, aby pogłębić eksploatację gospodarczą tego kraju – w szczególności sektora zbrojeniowego – oraz poskromić odradzający się w Czechach ruch oporu. Wprowadził stan wojenny i drastyczne środki terroru takie jak rozstrzeliwania, wysiedlenia, przymusowa rekrutacja robotników i propaganda. Dążył także do nasilenia germanizacji narodu czeskiego. Pozostał jednocześnie szefem Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA).
27 maja 1942 roku spadochroniarze rządu emigracyjnego Czechosłowacji dokonali zamachu na Heydricha. Choć sama akcja nie zakończyła się uśmierceniem Heydricha, to zmarł on osiem dni później wskutek powikłań pooperacyjnych i sepsy będącej konsekwencją ran odniesionych w trakcie zamachu.