Był najwyższym rangą niemieckim funkcjonariuszem zabitym w zamachu podczas II wojny światowejHistoria Do Rzeczy, nr 4(50)/2017 kwiecień 2017, s. 38–41.. Pogrzeb Heydricha był największą tego rodzaju uroczystością w dziejach III Rzeszy. Na fali prześladowań odwetowych aresztowano ponad trzy tysiące osób, 1327 skazano na śmierć, a kilka dalszych tysięcy zesłano do obozów koncentracyjnych. Po błędnym powiązaniu sprawców zamachu z wsią Lidice w prowadzonym przez Gestapo śledztwie, większość mieszkańców wsi została wymordowana, a jej zabudowa zrównana z ziemią. Nazwa wsi stała się symbolem zbrodni niemieckich. Zamachowcy ukrywający się w prawosławnym soborze Świętych Cyryla i Metodego w Pradze zostali zdekonspirowani wskutek zdrady i zabici przez oddziały SS w dniu 18 czerwca.

Heydrich fanatycznie nienawidził narodu żydowskiego. Jest uważany za jednego z głównych organizatorów Holocaustu. Początkowo popierał emigrację Żydów z terenów okupowanych przez nazistów, ale ostatecznie uznał, że „kwestia żydowska” wymaga „rozwiązania terytorialnego”. 31 lipca 1941 roku Göring upoważnił Heydricha do opracowania „pełnego rozwiązania kwestii żydowskiej w niemieckiej strefie wpływów w Europie”.