Armator po zdarzeniu wykonał remont w stoczni Blohm & Voss w Hamburgu. W jego trakcie pofałdowany wskutek działania temperatury pożaru pokład wyrównano 60-tonową betonową wylewką. Powiększyło to istniejące od początku eksploatacji statku – ze względu na wadliwie zaprojektowaną i zbudowaną nadbudówkę oraz system balastowy – problemy ze statecznością.
14 marca 1992 r. prom uszkodził Nabrzeże Portowców w Świnoujściu, a 1 maja i 15 maja 1992 roku uderzył w Nabrzeże Władysława IV. Oficjalnie, przed 1993 rokiem na MF Jan Heweliusz w toku eksploatacji miało miejsce łącznie 26 wypadków, w tym głównie silne przechyły na morzu, dwa przewroty w porcie i kolizje z kutrami (24 grudnia 1979 roku kuter rybacki Świ-47 i kuter SAS-309 z Sassnitz 21 marca 1981 roku). W sierpniu 1992 r. prom przeszedł przegląd inspekcyjny dokonany przez Urząd Morski. 6 stycznia 1993 r., po 14-dniowym rejsie na linii Świnoujście – Ystad, kapitanowi Andrzejowi Ułasiewiczowi prom przekazał kpt. żw. Bolesław Hutyra, który jednocześnie sprawował funkcję dyrektora Departamentu Administracji Morskiej, Śródlądowej Ministerstwa Transportu i Gospodarki Morskiej.