Tam, gdzie pas skałkowy stykał się z fliszem, powstały subsekwentne doliny potoków – Krośnica, Grajcarek, Łapszanka i Lipnik oddzieliły Pieniny od Beskidów i pogórzy spiskich. Już w dolnym miocenie zarysował się Przełom Dunajca, ostatecznie ukształtowany w trakcie dźwigania się orogenu karpackiego w miocenie wyższym i dolnym pliocenie.
Współcześnie jest to jeden z obszarów o największej aktywności sejsmicznej w Polsce, ustępując Podhalu. Trzęsienia ziemi tu występujące są z reguły bardzo słabe, nieodczuwalne, rzadko przekraczając magnitudę 3. Na naturalną aktywność sejsmiczną nakłada się sesjmiczność antropogeniczna wywoływana przez obecność Jeziora Czorsztyńskiego, czyli aktywność wyzwalana.
Rzeźba terenu mały|skaluj=1.1|Pieniny Właściwe na tle Tatr – widok z Bereśnika Podstawowe rysy rzeźby terenu odzwierciedlają przeszłość geologiczną regionu. Najwyższe partie stanowią skalice pochodzące z mezozoiku, odporne na procesy erozyjno-denudacyjne. W niższych partiach są one okryte późniejszymi osadami. Skałki często wypełniają synkliny. Poniżej skałek zaznaczają się natomiast poziomy zrównań, powstałe od neogenu do plejstocenu.