Komisja udzielała kapitanom bezzwrotnych zapomóg i pożyczek (spłacanych ze zdobyczy) na budowę oraz wyposażanie okrętów, opłacanie załóg i przygotowywanie corocznych wypraw. W 1570 roku dofinansowała około dziesięciu jednostek. Według obliczeń Stanisława Bodniaka w najlepszych latach flotylla kaperska zbliżała się do 20 czynnych okrętów; liczbę wszystkich jednostek przewijających się przez służbę w latach 1560–1572 można szacować na 25–30.
Komisja wspierała kaprów w sporach i konfliktach z Gdańskiem, poważnym sprawdzianem jej kompetencji był konflikt z władzami miasta w czerwcu 1568 roku. Po nocnym napadzie grupy kaprów na kaszubskich chłopów Rada Miejska aresztowała sprawców i 23 czerwca skazała jedenastu z nich na śmierć, wyrok wykonano. Komisja protestowała przeciw wkroczeniu władz miejskich w jej jurysdykcję, deklarując, że sama ich osądzi i ukarze. W tym samym okresie komendant twierdzy w Wisłoujściu ostrzelał okręty straży morskiej, zmuszając je do odwrotu; jeden z nich zatonął.