Konstytucja Księstwa ustanowiła również nowy ustrój władz miejskich. W przypadku Poznania miastem miał kierować prezydent mianowany przez króla, a podlegający prefektowi Departamentu Poznańskiego. Pomocą prezydentowi miało służyć trzech ławników i trzech dyrektorów policji. Ograniczono również poważnie funkcję rady miejskiej. Regulujący jej funkcję dekret z 10 lutego 1809 r., w którym zadania rady ograniczono do układania i kontroli realizacji budżetu miasta. Mogła ona, co prawda, zajmować się również innymi problemami gospodarczymi, ale utrudnione to zostało poprzez odgórne ustalenie, że rada zbiera się jedynie podczas trzech stałych, sześciodniowych posiedzeń w roku rozpoczynających się 1 kwietnia, 1 października i 1 grudnia. Na początku każdej sesji wybierano nowego przewodniczącego i sekretarza rady. Połowa członków rady wymieniana była co dwa lata.
Pierwszym prezydentem Poznania mianowanym przez króla został Milewski, lecz jeszcze w 1807 zastąpił do Bernard Rosse (zatwierdzony przez króla w 1808). W 1813 prezydentem został zaś Szymon Wroniecki.