Napoleon opuścił Poznań 12 grudnia 1806.
Przez następne miesiące Poznań nadal stanowił miejsce postoju oddziałów zmierzających na wschód, aż do podpisania traktatu tylżyckiego 7 lipca 1807 r.
Sytuacja gospodarcza Poznań pod względem gospodarczym zasadniczo się nie zmienił w okresie Księstwa Warszawskiego. Nadal stanowił siedzibę władz, tym razem departamentu, w tym prefekta. Umieszczono tu siedziby sądów karnego i cywilnego. Administracja zaczęła ulegać stopniowej polonizacji dzięki mianowaniu na kolejne stanowiska absolwentów Szkoły Głównej i Administracji w Warszawie uzupełnianej przez absolwentów poznańskiego gimnazjum.
Miasto nadal też stanowiło ważny węzeł komunikacyjny. Przebiegał tędy szlak z Warszawy do Drezna, które stanowiło siedzibę księcia warszawskiego a zarazem króla saskiego, a także droga do Berlina i dalej na zachód do Francji, tędy też kierował się główny szlak z Europy Zachodniej do Rosji.