Połączenia Na stacji kolejowej zatrzymują się pociągi kategorii IC i TLK spółki PKP Intercity, kursujące między Warszawą a Białymstokiem i w relacjach dalszych (m.in. Suwałki, Ełk, Kraków, Wrocław, Gdynia). Jest to również krańcowa stacja pociągów osobowych Kolei Mazowieckich kursujących z Warszawy – maksymalnie kilkanaście par na dobę. Do ich obsługi skierowane są elektryczne zespoły trakcyjne serii EN57. Na czas utrudnień związanych z modernizacją szlaku niektóre kursy Kolei Mazowieckich na ostatnich przystankach są obsługiwane zastępczą komunikacją autobusową.
Do 2009 Małkinia była stacją stykową, tj. krańcową dla pociągów osobowych zarówno z Warszawy, jak i z Białegostoku. Od 23 lutego 2009 pociągi osobowe jadące z Białegostoku dojeżdżają jedynie do stacji Szepietowo. Był to efekt przerzucenia na samorządy obowiązku finansowania pociągów regionalnych, braku porozumienia między marszałkami województw mazowieckiego i podlaskiego oraz decyzji Podlaskiego Zakładu Przewozów Regionalnych o zaprzestaniu obsługi na terenie województwa mazowieckiego.