Zamach stanu i utrata władzy 6 czerwca 1998 João Bernanrdo Vieira odwołał ze stanowiska szefa sztabu generała Ansumane Mané. Został on bowiem oskarżony o niedopełnienie swoich obowiązków i przymykanie oczu na szmuglowanie broni z Gwinei Bissau do rebeliantów w senegalskiej prowincji Casamance. 7 czerwca gen. Mane zbuntował się i dokonał w Bissau zamachu stanu. Wraz ze swoimi oddziałami zajął koszary i najważniejsze miejsca stolicy, w tym lotnisko. W kraju rozpoczęła się walka wojsk lojalnych prezydentowi z siłami rebeliantów. Poparcia prezydentowi Vieirze udzielił sąsiedni Senegal oraz Gwinea, którzy przysłali swoje wojska. Walki rozlały się na cały kraj, powodując duże zniszczenia i wojnę domową. 1 listopada 1998 obie strony podpisały porozumienie w Abudży w Nigerii, zgadzając się na powołanie rządu jedności narodowej, zastąpienie senegalskich i gwinejskich wojsk siłami pokojowymi ECOWAS oraz na przeprowadzenie wyborów parlamentarnych do marca 1999.