Założenie uniwersytetu było częścią szerszej polityki rekatolizacji Moraw w okresie kontrreformacji.
W czasie czeskiego powstania stanowego i początków wojny trzydziestoletniej działalność uniwersytetu została przerwana; jezuici opuścili Ołomuniec, a uczelnia wznowiła działalność po ich powrocie.
Reformy habsburskie i XIX wiek W XVIII wieku uczelnia została objęta reformami państwa habsburskiego. W 1778 roku przeniesiono ją do Brna, jednak w 1782 roku wróciła do Ołomuńca już jako liceum. W 1827 roku cesarz Franciszek I ponownie podniósł ją do rangi uniwersytetu, nadając jej nazwę Františkova univerzita, czyli Uniwersytet Franciszka.
W 1860 roku cesarz Franciszek Józef I zlikwidował większość uniwersytetu; kontynuację zachował przede wszystkim wydział teologiczny. Tradycja dawnego uniwersytetu ołomunieckiego została jednak utrzymana, między innymi przez działalność teologiczną i biblioteczną.
Reaktywacja po II wojnie światowej Uniwersytet został reaktywowany 21 lutego 1946 roku ustawą Tymczasowego Zgromadzenia Narodowego Czechosłowacji. Otrzymał nazwę Uniwersytetu Palackiego, na cześć Františka Palackiego. Po reaktywacji obejmował cztery wydziały: teologiczny, lekarski, filozoficzny i pedagogiczny.