Sam Nestoriusz w Księdze Herakleidesa (lub Bazar Herakleidesa), odkrytej na początku XX w. apologii, którą napisał 20 lat po powstaniu kontrowersji, przekonywał, że chrystologia papieża Leona Wielkiego, kanonizowana przez sobór chalcedoński (451 r.), jest według niego teologicznie zadowalająca. Jednak według J.N.D. Kelly’ego, mimo ewidentnie dojrzalszego i bardziej stonowanego sposobu wyrażania się, Nestoriusz pozostał wierny swemu podstawowemu twierdzeniu, odrzucającemu unię osobową. Dwie natury pozostają w Chrystusie odrębne, gdyż nie jest możliwe, aby Słowo-Logos cierpiało, skoro jego natura nie poddaje się cierpieniu.
Nestoriusz został przez cesarza odosobniony i wkrótce zmarł, natomiast kontynuatorów jego doktryny władze świeckie poddały prześladowaniom, wskutek których masowo wyemigrowali poza granice Cesarstwa Rzymskiego – do Persji. W ten sposób granice Rzymu opuściła między innymi słynna nestoriańska szkoła teologiczna działająca w Edessie, która przeniosła się do perskiego Nisibisu.