W 1643 Uniwersytet w Utrechcie potępił tezy Kartezjusza, zakazując ich nauczania.
W 1649 filozof przyjął zaproszenie szwedzkiej królowej Krystyny do Sztokholmu, która chciała pod jego kierunkiem studiować filozofię i skorzystać z jego rad przy organizowaniu szwedzkiej akademii nauk. By zachować trzeźwość i czystość umysłu, królowa wyznaczyła mu godzinę swoich korepetycji na piątą rano. Filozof przeziębił się, w wyniku czego rozwinęło się zapalenie płuc. Kartezjusz odmawiał początkowo leczenia, zgadzając się na pomoc dopiero po kilku dniach. Zmarł 11 lutego 1650.
thumb|Nagrobek Kartezjusza w opactwie Saint-Germain-des-Prés
Pochowano go w Sztokholmie. W 1667 ciało ekshumowano i pochowano w paryskim opactwie Saint-Germain-des-Prés. W 1817 roku szczątki przeniesiono do osobnej kaplicy opactwa. Czaszka Kartezjusza znajduje się w Muzeum Człowieka (nie jest eksponowana).
Filozofia thumb|Dysputa królowej Krystyny i Kartezjusza (detal z kopii dzieła Pierre’a Louisa Dumesnila)