Kartezjusz, a za nim inni filozofowie, dążył wpierw do rozstrzygnięcia zasadniczych kwestii epistemologicznych (jakiego rodzaju wiedza jest wiedzą pewną), a dopiero w dalszej kolejności do stawiania tez ontologicznych.
We wczesnej nowożytności doszło do wyodrębnienia się z filozofii nauk ścisłych i przyrodniczych, dotychczas uprawianych w ramach filozofii przyrody. Mimo to filozofia i przyrodoznawstwo nadal się inspirowały, a wielu ówczesnych filozofów było jednocześnie wybitnymi naukowcami. Sam Kartezjusz – oprócz filozofii – zajmował się też matematyką, badaniami z zakresu fizyki i optyki, meteorologii i fizjologii. Uważał, że jego odkrycia naukowe są ściśle związane z jego rozważaniami na tematy metafizyczne, epistemologiczne czy z zakresu filozofii umysłu. Filozofia dawała metodologiczne podstawy dla uprawiania nauk empirycznych.
Metoda filozoficzna
Tak jak Francis Bacon, Kartezjusz za najważniejszy cel nauki uważał opanowanie sił przyrody oraz udoskonalenie samej natury ludzkiej. Zakładał, że możliwe jest oparcie całości wiedzy ludzkiej na pewnym niepowątpiewalnym fundamencie. Tylko w ten sposób możliwe było jego zdaniem odparcie argumentów sceptycyzmu co do możliwości uzyskania wiedzy pewnej.