Na mocy rokowań polsko-krzyżackich wielki mistrz zgodził się na amnestię dla mieszczan pod warunkiem poddania grodu ponownie władzy krzyżackiej.
mały|lewo|Stare gimnazjum, do którego w latach 1855–1859 uczęszczał Wojciech Kętrzyński Po wojnie trzynastoletniej na mocy pokoju toruńskiego Kętrzyn wraz z resztą Prus Dolnych pozostał w granicach Prus Zakonnych, jednakże jako lenno Królestwa Polskiego. Dopiero po utworzeniu w 1525 r. lennych Polsce Prus Książęcych nastąpił szybki rozwój miasta, zahamowany wojną ze Szwecją.
Podczas wojny siedmioletniej, w latach 1758–1762 Prusy były okupowane przez Rosjan. W dniach 20–21 czerwca 1807 roku w mieście ze swoją dywizją poznańską stacjonował gen. Jan Henryk Dąbrowski. W 1818 miasto zostało siedzibą powiatu, w II poł. XIX w. wybudowano cukrownię, browar i młyn, co przełożyło się na rozwój miasta. W latach 1855–1859 do tutejszego gimnazjum uczęszczał Wojciech Kętrzyński, późniejszy wieloletni dyrektor Ossolineum. W 1868 wybudowano połączenie kolejowe z Królewcem, a w późniejszych latach z Węgorzewem i Rynem oraz wąskotorowe z Mrągowem. W 1871 miasto znalazło się w granicach Cesarstwa Niemieckiego. Powstały kwartały nowej zabudowy wraz z ratuszem oraz nowy rynek miejski.