Razem z dworem Franciszka I Marot podróżował do Reims i Ardres, królowi zadedykował zbiór wierszy Świątynia Kupidyna oraz Petite Epistre (ok. 1518). Tłumaczył równolegle dzieła autorów antycznych, w tym Wirgiliusza. W ślad za królem brał udział w wojnach włoskich i dostał się do niewoli w bitwie pod Pawią.
Po powrocie do Francji Marot został oskarżony o obrazę obyczajów i wspieranie reformacji, do czego przyczyniło się jego otwarte wyrażania poglądów sprzecznych ze stanowiskiem katolickich władz kościelnych. W 1525 został uwięziony w Châtelet. W tym okresie stworzył kolejne epigramaty, w których twierdził, że jest niewinny i zwracał się do swoich wpływowych przyjaciół o pomoc. W 1526 został przeniesiony z dotychczasowego więzienia do Chartres, gdzie tylko formalnie pozostawał w więzieniu. Wrażenia z Chatelet zawarł w tym okresie w wierszu Piekło. Ostatecznie wyszedł na wolność dzięki wsparciu biskupa Chartres oraz Lyona Jameta.