Kilkadziesiąt lat później król Przemysł Ottokar II zbudował wzmiankowany w 1277 roku zamek, który dał początek późniejszej twierdzy Špilberk i stanowił podstawę systemu umocnień miejskich Brna. Od 1349 roku miasto było siedzibą margrabiów morawskich. W 1376 roku Brno otrzymało sołectwo. W latach 1428 i 1430 bezskutecznie oblegali je husyci. Brno w czasie wojen husyckich pozostało silną twierdzą katolicyzmu, do czego przyczynił się jego niemiecki patrycjat.
W 1641 roku, po zdobyciu Ołomuńca przez wojska szwedzkie, Brno stało się faktyczną stolicą Moraw, co formalnie potwierdzono w XVIII wieku. W czasie wojny trzydziestoletniej (1643 i 1645) miasto, dzięki umiejętnościom komendanta Louisa Raduit de Souches, z sukcesem odparło oblężenia wojsk szwedzkich pod dowództwem generała Lennarta Torstenssona. Miasto było konsekwentnie umacniane i dlatego w 1742 roku było bez powodzenia oblegane przez wojska pruskie i saskie.