Była bardzo pomocna w negocjacjach dotyczących jego powrotu. Po najazdach Antiocha IV Egipt przechodził okres ostrego kryzysu gospodarczego i politycznego. Trwały zamieszki w Aleksandrii, w Fajum (w 164 r. p.n.e.), bunty chłopskie, rewolty wojskowe. W 164 r. p.n.e. doszło do wybuchu rebelii Dionysosa Petosarapisa (do 165 r. p.n.e.) i powstania w Tebaidzie. W złagodzonym nieco jesienią 164 r. p.n.e. zarządzeniu "O gospodarce rolnej" z sierpnia/września 165 r. p.n.e. rząd nakazał przymusową uprawę roli, a eksploatację opuszczonej i zajętej ziemi powierzył nowo utworzonemu wydziałowi administracji państwowej. Do tego jeszcze dochodziła wzajemna rywalizacja braci. W XI.164 r. p.n.e. Kleopatra musiała udać się wraz z Ptolemeuszem VI na wygnanie i prosić Rzym o pomoc. To jednak nie zdało się na nic. Po powrocie na Cypr zastali tam posłów aleksandryjskich mających dosyć despotycznych rządów ich brata i proszących ich o powrót. W lecie 163 r. p.n.e., przy udziale rzymskiej delegacji, dokonano podziału - Filometor i Kleopatra mieli rządzić w Egipcie i na Cyprze, a Fyskon otrzymał Cyrenajkę. Nie obyło się jednak bez walki o Cypr, którą wygrał starszy brat. Na przełomie 163/162 r. p.n.e. Rzym wspierał pretensje Fyskona do Cypru. Doszło nawet do zerwania rzymsko-egipskich stosunków dyplomatycznych.